11 1263, est divisée en trois custodies (Terre sainte, Syrie et Chypre) et coïncide avec l’Empire chrétien d’Orient. À cette époque, les franciscains sont présents à Jérusalem, à Saint-Jean-d’Acre, à Tyr et à Sidon, à Tripoli, à Antioche… Leur présence est rapidement menacée. Avec la chute de Saint-Jean-d’Acre, le 19 mai 1291, ils doivent se réfugier à Chypre, où réside le provincial d’Orient. Dès qu’ils le peuvent cependant, c’est-à-dire dès 1322, ils reviennent à Jérusalem, où ils desservent l’église du Saint-Sépulcre. Le 21 novembre 1342, une bulle du pape Clément VI confie aux franciscains, avec l’autorisation du sultan d’Égypte, « le Cénacle du Seigneur, la chapelle dans laquelle l’Esprit Saint est apparu aux Apôtres et une autre chapelle, où le Christ, en présence de Thomas, se manifesta aux Apôtres après sa résurrection ». À partir de cette date, les franciscains desservent officiellement le Cénacle et le Saint-Sépulcre et, cinq ans plus tard, Bethléem. Ils sont, au cours du xive siècle, une vingtaine de religieux à vivre dans ces trois lieux. Au fil des années, dès que les circonstances le leur permettent, ils rachètent, au profit de l’Église catholique, tous les lieux qui ont une signification symbolique pour les chrétiens : au xviie siècle, le sanctuaire Saint-Pierre, à Tibériade, le lieu de l’Annonciation, à Nazareth, le mont Thabor, Gethsémani, Saint-Jean-Baptiste, à Aïn Karem ; aux xviiie et xixe siècles, le sanctuaire de la Nutrition, à Nazareth, les sanctuaires de la Flagellation, d’Emmaüs, Dominus Flevit, les sites de Tabgha, Magdala, Capharnaüm; au xxe siècle enfin, le champ des Bergers, le « désert de saint Jean Baptiste », le mont Nébo, Béthanie, le lieu du baptême sur le Jourdain…
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